药品二次议价问题从产生的那一天起，就注定争议不断。在反对者眼里，它无一是处：降低省级招标的公信力；违反招投标法；容易滋生医疗机构的腐败和不正之风；给生产企业增加销售成本和费用，压缩生产企业利润空间；导致各地采购价格不一致，出现“同城不同价”的现象；催生市场无序化竞争，导致药品质量下降。在赞成者眼里，它利大于弊：解决药品价格普降的问题；还原医疗结构和医药企业双方的市场议价权；将医疗机构药品采购中的“暗扣”变“明扣”；压缩医生收取回扣的空间，有效治愈商业贿赂的顽疾；减轻地方政府的财政负担；促进药品集中招标制度改革。
